1541년 9월 13일, 칼빈(32세)은 제네바에서 스트라스부르크까지 파견한 호위대의 보호 아래 제네바에 귀환하였다. 칼빈은 스트라스부르크에 있을 때에 시의 대표로 프랑크푸르트, 하게나우, 보름스, 레겐스부르크 등의 종교 토론회에 참석하였고 독일의 루터파 종교 개혁가들과도 만났다. 칼빈은 루터를 종교개혁의 선구자로 사도적 위치로 칭송했지만, 루터는 칼빈에 대해서 냉소적이었다.

3년의 스트라스부르크에서 칼빈은 부처에게 영향을 받았다. 그것은 ‘교회의 질서’와 ‘적대자와 협력하는’ 것이다. 제네바로 돌아온 칼빈은 1538년에 추방될 때의 성경본문을 연결해서 설교하였다. 9월 14일에 교회법(Ordonnances ecclesiastiqes)을 제출하고 9월 26일에 논의하여 통과하였다. 1542년에는 「제네바 예배모범」(La forme des chantz et prieres ecclesiastiques)을, 1545년에는 「제네바 요리문답」(Catechismus ecclesiae Genevensis)을 작성하였다.

1538년 교회질서의 적용하려는 칼빈과 파렐를 추방했던 제네바는 청빙한 칼빈의 의견을 전적으로 수용하여 채택하였지만, 법을 정확하게 적용하는 것은 또 다른 것이었다. 제네바로 돌아온 직후인 1542년 11월 20일, 칼빈은 “교회법”을 시의회에 제출하여 인준을 받았다. 칼빈을 청빙하는 패랭(Ami Perrin)은 칼빈을 반대하는 위치에 섰다. 패랭은 1946년부터 가족과 자신의 견책에 대해서 불만을 품고 칼빈을 반대하기 시작하였다. 제네바에 수립되는 질서에 대해서 거부감이 있었기 때문이다. 패랭의 세력은 강력하여 칼빈을 재추방하는 분위기까지 만들었는데, 세르베투스를 지지하면서 함께 몰락하였다.

칼빈은 거의 매일 설교를 하였고, 1주일 세 번씩 성경강의, 금요일 성경토론(Congregation) 주관, 심방 활동을 하였다. 그런데 칼빈의 건강은 매우 좋지 않았고, 가정에는 많은 프랑스 난민과 방문객들이 몰려 들었다. 제네바는 프랑스 난민들을 시민으로 받아드림으로 인구가 증가하기도 하였다.

제네바 종교개혁 표어 Post Tenebras Lux(욥 17:12) 어둠 뒤에 빛이 온다