존 낙스(John Knox, 1514-1572)는 1553년 7월에 피의 여왕 메리(Mary Tudor, 1516-1558)가 즉위하면서 박해를 피해, 1554년 1월에 대륙으로 망명하였다. 1554년 9월 칼빈의 권유로 프랑크푸르트에 있는 잉글랜드 피난민 교회의 목회자로 사역했고, 신성로마제국 황제인 찰스 5세를 “네로에 못지않은 폭군”이라고 발언한 것이 원인으로 추방당하여 1555년 3월에 제네바로 돌아왔다. 낙스는 제네바에서 잉글랜드 피난민들의 목회자로 초빙 받아 목회하였다.

낙스는 잠시 스코틀랜드에 방문하여 개혁 사상을 전파하였다. 스코틀랜드에는 여왕 메리(Queen of Mary, 1542-(1567)1587)가 통치하고 있었다. 1557년경 스코틀랜드에서 낙스를 초청하였지만 제네바에서 활동하였다. 1558년 잉글랜드의 메리가 사망하자, 잉글랜드 피난민들이 귀환하였다. 그리고 스코틀랜드에서 개혁의 열망이 뜨거워졌다. 낙스는 1559년 1월 제네바를 떠나 2월에 스코틀랜드로 귀환하였다.

스코틀랜드에 무르익던 개혁을 낙스(The six Johns)가 참여하면서 결실을 만든 것이 1560년 스코틀랜드 신앙고백서(The Scots Confession)와 1치리서(The First Book of Discipline, 1560년)이다. 1560년에는 장로교 질서가 나타나지 않았다. 앤드류 멜빌(Andrew Melville, 1545-1622)이 작성한 2치리서(The Second Book of Discipline, 1578년)에서 등장한 정치 질서가 형성되었기 때문에 장로주의 아버지(Father of Presbyterianism)라고 부르기도 한다.

스코틀랜드 교회 총회(총회장 조지 뷰캐넌, George Buchanan 1506-1582)는 1567년 6월 25일 메리의 왕위 상실을 선언하고 그녀의 아들을 제임스 6세로 공식 옹위하였다. 메리 여왕은 잉글랜드로 도피하였다. 제임스 6세의 대관식 때 설교를 했던 사람은 다름 아닌 낙스였다. 낙스는 어린 요시야 왕에 대한 설교를 통해 개혁운동을 국가적 과제로 확고히 했다. 1567년 12월에 소집된 스코틀랜드 의회는 1560년의 정책을 재확인 하였고, 앞으로 모든 왕들은 개혁된 신앙을 유지하겠다고 서약하는 것을 의무화하였다. 또 교회회의 소집의 자유와 권한을 인정하였다. 그래서 스코틀랜드는 개혁된 사상이 정착되었다.

1603년 잉글랜드에서 엘리자베스 여왕이 죽은 뒤에, 스코틀랜드의 제임스 6세를 제임스 1세로 옹위하여 통합왕이 되었다. 엘리자베스에 눌렸던 청교도들은 스코틀랜드 왕이었던 제임스에게 기대를 걸고 천인청원(Millenary Petition)을 하였다. 제임스 1세는 영어로 성경(欽定譯, Authorized Version, 1611년)을 번역하였을 뿐이고, 오히려 식민지 이주 정책을 펼쳤다. 제임스 1세가 1625년에 죽은 뒤에 그의 찰스 1세(Charles I, 1600-1649)가 등극하였다. 찰스 1세는 강력한 왕권신수설(王權神授說, Divine Right of Kings)주의자였다.

찰스 1세는 강력한 왕권을 근거로 독단적인 통치를 수행하였다. 1628년 잉글랜드 의회는 과세에 대해서 의회의 승인하는 법령, 권리청원(Petition of Right)을 발의하였다. 권리청원에 서명한 찰스 1세는 오히려 1629년 의회를 해산시키고 전제 정치를 유지하였다.

1636년 찰스 1세는 라우드(William Laud, 1573–1645, Laudianism)와 일련의 국교회 사제들과 함께 퍼스 5조항(Five Articles of Perth)에 더 강화된 <규범집>(Book of Canons)을 작성하였다. 퍼스 5조항에는 청교도들이 개혁하려던 것을 바꾸고, 스코틀랜드 제2치리서를 거부하는 내용이 있었다.

찰스 1세는 <공동기도문>(Book of Common Prayer)을 작성하여 스코틀랜드 교회에도 수행하기를 강요하였다. 1638년 2월 28일 그레이프라이어(Greyfriars) 교회에 왕의 명령을 집행하러온 사절단에 대항하여 무력으로 대항하였다. 스코틀랜드는 국민 언약(The National Covenant)을 작성하였다. 대표 작성자는 언약도 운동의 지도자인 알렉산더 핸더슨(Alexander Henderson, 1583-1646) 목사였다. 스코틀랜드 교회의 이름이 “언약도(Covenanters)”라고 불리게 되었다.

찰스 1세는 왕명(王命)을 거부하는 스코틀랜드를 치리하기 위해서 출병한 것이 주교전쟁(Bishop's Wars)이다. 당시 스코틀랜드는 전쟁 영웅들이 많이 있었다. 찰스 1세의 군대는 스코틀랜드의 언약도들에게 패배하였고, 1639년 6월에 휴전을 서약하였다. 찰스 1세는 전쟁피해 보상에 대한 재정 소요를 충당하기 위해서 의회를 소집하였다. 의회는 권리청원을 수용할 것을 제안하였고 왕이 거부하면서 의회는 한 달도 되지 않아 해산되었다. 1640년 의회를 개최하였지만 의회를 해산시킨 것이 단기의회(短期議會, Short Parliament)이다. 찰스 1세는 휴전을 파기하고 다시 스코틀랜드와 전쟁을 수행하였지만 패배하였다. 오히려 스코틀랜드 군대가 잉글랜드 지역으로 침략할 실정이 되었다. 찰스 1세는 보상을 약속하고 평화조약을 체결하였다. 찰스 1세는 다시 의회를 열 수 밖에 없었다. 1640년 11월에 의회가 소집되었는데 1649년까지 유지된 회기이기 때문에 장기의회(Long Parliament)라고 부른다. 장기의회에서 왕의 핵심요인들의 처형을 요구하였고 집행되었다.

왕과 의회의 갈등은 해소되지 않았다. 외적으로는 세금 부과 결정권, 의회의 권리 증진 등이었다. 1640년 대간의서(大諫議書, Grand Remonstrance)를 의회에 제출하여 159:148로 하원을 통과시켰다. 대간의서는 찰스 1세의 실정을 206개 항목을 작성한 것(항의서)이고, 존 핌(John Pym)과 존 햄든(John Hampden)과 올리버 크롬웰이 참여하였다.

이에 분노한 찰스 1세는 수도 런던을 떠나 대간의서를 작성한 5명을 체포하기 위해서 군사를 파견하였다. 왕의 무력에 대해서 의회에서 무력으로 대치하였다(시민전쟁, English Civil War, 1642-1651). 1642년 8월 22일 찰스 1세가 노팅엄에서 발군(發軍)하여 옥스퍼드에 군사본부를 설치하며 잉글랜드 서쪽지방을 통제하였다. 의회파는 남쪽과 동쪽을 통제하여 민병대를 구성하였다. 왕은 과도한 세금을 부과하였다.

내전의 초기에 왕당파가 우세하였다. 의회파는 스코틀랜드에 도움을 요청하였고 승인되었다. 스코틀랜드 언약도와 잉글랜드 의회파 그리고 아일랜드가 1643년 8월 17일 엄숙한 동맹과 언약(Solemn League and Covenant)을 수립하고, 1643년 9월 25일 웨스트민스터 사원에서 체결하였다. 웨스트민스터총회(Westminster Assembly of Divines)는 1643년 7월 1일 윌리엄 트위세(William Twisse)의 설교로 총회 시작하여 1649년 2월 22일에 종결하였다. 5년 6개월간 1,163회 위원회를 개최하였다. 웨스트민스터 총회에는 151명의 대표가 참석하였는데, 121명은 잉글랜드 지역에서 선출된 성직자들이었다.

의회파는 단일 성향의 집합체가 아니었다. 장로파가 다수였고, 독립파인 크롬웰의 군대에도 다른 의견을 가진 성향이 많이 있었다. 잉글랜드는 찰스 1세에게 대항하기 위한 의회파였고, 장로파와 독립파인 크롬웰은 방안이 같지 않았다. 장로파는 왕과 협상하려고 하였고, 독립파는 왕을 징계하려고 하였다.

1646년에 신앙고백서 전문을 작성하였다. 1647년 스코틀랜드 의회에서 수용하였다. 그리고 1648년 9월에 잉글랜드 의회에서 수용하였다. 그런데 크롬웰이 왕당파의 공격을 진압하였다. 크롬웰은 1648년 12월 6일, 토마스 프라이드(Thomas Pride) 대령으로 장로파 의원들을 체포하고, 왕의 처형을 반대하는 의원들을 제명시키고, 잔부의회(殘部議會, Rump Parliament)를 구성하였다. 잔부의회에서 1649년 1월 30일 찰스 1세를 반역죄를 판정하고 처형시켰다. 1652년 웨스트민스터총회는 종료되었다.

1649년 찰스 1세의 아들 찰스 2세가 왕당파를 이끌었다. 스코틀랜드에서 찰스 2세를 지지했다. 크롬웰은 1650년 9월 3일 던바 전투(battle of Dunbar)와 1651년 9월 3일, 우스터 전투(battle of Worcester)에서 스코틀랜드를 완전히 정복하고 전쟁을 종식시켰다. 이 때 존 오웬이 군목으로 동행하였다. 크롬웰은 아일랜드와 스코틀랜드를 정복한 영국을 만든 정복자이다. 찰스 2세는 유럽으로 망명하였고, 스코틀랜드 대학교는 독립파 학자들이 장악하였다. 크롬웰은 연방호국경(護國卿, Lord Protector)으로 독재 통치를 수행하였다(정식명칭, Lord Protector of the Commonwealth of England, Scotland and Ireland).

올리버 크롬웰(Oliver Cromwell, 1599-1658)은 1658년 9월 3일에 죽었다. 그리고 그의 아들이 호국경의 직무를 수행하였다. 1658년 10월 12일, 존 오웬(John Owen, 1616-1683)을 중심으로 독립파 사역자들이 사보이 선언(Savoy declaration)을 결의하였다. 그러나 잉글랜드 의회에서 채택한 표준문서는 웨스트민스터신앙고백서였다.

1660년 잉글랜드에서 찰스 2세로 왕정이 복고되었고, 1661년 무효법(Act Recissory, 1661년)과 1662년 통일법(Act of Uniformity)으로 의회에서 결의한 웨스트민스터신앙고백서를 39개조 신조(Act of Uniformity, 1558)로 전환시켰다. 찰스 2세의 법령을 거부하는 스코틀랜드를 무섭게 압제하였다. 이 시기를 “살인의 시대(The Killing Times, 1680-1688)”라고 할 정도이다. 찰스 2세를 이은 제임스 2세는 명예혁명(名譽革命, Glorious Revolution)으로 퇴위되었다.

1690년 스코틀랜드 교회는 종교의 자유를 얻어 총회(ECS, Established Church of Scotland)를 재건하였다. 스코틀랜드 교회는 성직수임권(patronage)에서 분열하였다. 성직수임권이란, 어떤 지역에서 교회 사역자를 임명할 수 있는 권리를 지역 귀족에게 허용하는 것이다.