장로교는 총회(대회), 노회, 당회의 구조로 되어 있다. 한국 장로교회는 1907년에 독노회를 설립했고, 1912년에 총회를 설립했다. 독노회는 당시 대한제국 안에 있던 장로교회들의 총 연합체로 형성되었다. 노회가 모여서 총회로 형성하여 보편교회의 형태를 갖는다. 노회는 상설 기구인 반면에, 총회는 비상설 기구이다. 당회는 실제 보편 교회의 행동을 하며, 노회는 보편 교회의 실제적 연합이고, 총회는 교회(당회)와 노회의 최종적인 조정과 바른 질서를 확립하는 기능을 감당한다. 그래서 장로교회는 당회의 결정과 총회의 결정이 동일한 성질과 권위를 갖는다. 아무리 작은 교회라 할지라도 총회적이고 보편적 교회의 결정을 할 수 있는 것이 장로교회의 특징이다.

장로교회의 가장 큰 강점은 성도의 영혼의 안위를 개교회(당회)와 성도 각 개인에게 주는 것이다. 중세로마교회는 교황주의로 하나가 된 교회로 아무리 바른 개인이 있다할지라도 로마교회에 속한 이상 형식적으로 교황주의의 그늘에서 벗어나지 못한다. 그러나 장로교회는 만약에 개 교회에서 그릇된 모습을 볼 때에는 정당한 청원과 항의를 할 수 있다. 즉 성도의 저항권이 합법적으로 보장되어 있다. 이러한 원리로 목사의 사역이 무엇인지를 바로 알 수 있다. 목사는 바른 말씀을 선포함으로 성도를 양육하며, 거짓의 가르침에서 성도를 권면하고 인도하는 일을 한다. 만약 거짓된 목사를 만날 때 성도는 신앙의 양심을 따라서 합법적으로 거부와 저항을 할 수 있다.

장로교 정치 원리에서는 목사와 장로의 협력이 매우 중요하며, 목사가 말씀 사역에 집중할 수 있도록 돕는 장로(치리 장로)를 두었다. 마치 사도행전 6장에서 구제를 위해서 ‘집사’를 세움과 유사하다고 본다. 다만 집사는 계시 시대에 제정된 직분이고, 장로는 계시 완료 시대에 제정된 직분이다. 그래서 장로는 계시적인 권위는 없지만, 교회의 잘못된 행태에 대한 처절한 반성적인 산물로 볼 수 있다. 교회는 언제든지 말씀과 기도가 흥왕해야 되고, 이일을 위해서 집사와 장로는 목사를 돕는다. 교회는 근본적으로 말씀을 전하는 것과 구제하는 일을 한다. 사역자가 말씀을 전하는 일을 등한이 하자 교회는 심각한 부패에 이르렀다. 바른 말씀을 전하지 못할 때에는 교회는 사회에 큰 지탄을 받는다. 현재 한국 교회가 사회로부터 지탄을 받는 것은, 윤리의 부재 이전에 설교가 바르지 못하기 때문이다. 이것이 말씀 중심의 원리에 의한 반성이 되어야 한다.

장로(치리 장로)는 목사(장로)와 함께 동역하여 성도의 영혼의 안위를 돌보며(치리) 보호해야 한다. 목사는 집사와 함께 교회 안과 밖의 가난한 자를 돌보며(사랑) 보호해야 한다. 이러한 교회의 사역을 교회의 합의된 공동체인 노회(老會)에서 관할되며 통일되며 일치된 공동체를 이룬다.